食品科学与工程学院其前身可追溯至1994年的校直属食品科学教研室，先后历经农业工程学院、生命科学学院等单位，并于2021年9月正式成立食品科学与工程学院。学院成立以来先后荣获自治区“民族团结一家亲”和民族团结联谊活动先进集体、兵团民族团结进步示范单位、兵团巾帼建功先进集体、校级“文明单位”。
学院现有食品科学与工程校级优质学科（兵团重点建设培育学科）1个，拥有食品科学与工程一级学位硕士点和食品与营养专业学位硕士点。有食品科学与工程、食品质量与安全、酿酒工程和食品卫生与营养学四个本科专业，其中食品科学与工程专业为省级一流本科专业建设点。
学院教职工56人，专任教师45人，教授11人，副教授11人，具有博士学位教师22人，高级职称、具博士学位教师分别占专任教师总数的50%和49%，其中天山英才1人、天池英才2人、兵团英才6人、胡杨英才工程“特聘岗位计划”5人。近三年柔性引进首席专家1人、讲座教授3人、教育部银龄教师8人。
学院教学科研办公面积近1万平方米，教学科研仪器总值3000多万元，有南疆特色农产品深加工兵团重点实验室、食品科学实验教学示范中心、食品工程实践教学等多个教学科研平台；与20多家企业建有稳定的产学研合作基地。
学院立足南疆、面向兵团、服务新疆，长期围绕新疆特优林果、特色畜产品和新疆地区民族特色食品资源开展研究与开发工作。近几年承担各类项目80多项；获省级科技进步奖多项；发表SCI、EI论文近百篇；获各项专利百余项；常态化开展社会服务工作，为企业培训骨干500多人次。
建院以来，学院始终坚持社会主义办学方向，落实立德树人根本任务，坚持为党育人、为国育才，培养了一批批扎根边疆、献身边疆的有用人才，为新疆特别是南疆经济社会发展做出了应有贡献。
